Tháng 2 (âm lịch) năm 1285, Bảo Nghĩa hầu Trần Bình Trọng hi sinh, được truy phong làm Bảo Nghĩa vương (保義王), Chiêu Hiến Quận chúa lại mất cha. Bảo Nghĩa Vương phi một lần nữa góa bụa, chỉ lấy việc nuôi Chiêu Hiến Quận chúa làm niềm vui trong cuộc sống. Ngày 9 tháng 3 âm lịch năm Quý Tỵ (tức ngày 16 tháng 4 năm 1293), Trần Nhân Tông truyền ngôi cho Thái tử Trần Thuyên, tức Hoàng đế Trần Anh Tông, lấy niên hiệu là Hưng Long (興隆) và sử dụng nó đến hết thời trị vì của mình. Trần Anh Tông đã có chính cung Bảo Từ Hoàng hậu, thấy Quận chúa Chiêu Hiến nết na, xinh đẹp, lại được sự đồng thuận của Bảo Nghĩa Vương phi nên tuyên vào cung làm phi, phong hiệu là Huy Tư Hoàng phi (徽思皇妃). Vừa vào cung đã có danh vị Hoàng phi dù không hề xuất thân từ hoàng tộc, Chiêu Hiến Quận chúa thật sự đắc sủng, vinh quang phi thường. Khi nhập cung, Huy Tư Hoàng phi rất được Anh Tông cùng Bảo Từ Hoàng hậu sủng ái, thiên vị, qua đó có thể thấy Hoàng phi là một người xuất sắc về ngoại hình và phẩm cách. Đặc biệt Bảo Từ Hoàng hậu đối với Huy Tư Hoàng phi không hề tỏ ra ghen ghét đố kị mà còn hết mực thương yêu. Có lần Bảo Từ Hoàng hậu thấy Huy Tư phi theo hầu Anh Tông đường xa mà không có kiệu, phá lệ đem cho bà kiệu liễn vốn chỉ dành cho Hoàng hậu ngồi. Tuy nhiên điều này đã bị Anh Tông ngăn cản.

Đại Việt sử ký toàn thư chép:

" Dạo nọ, Huy Tư Hoàng phi đi theo hầu Anh Tông, lệ chưa được đi kiệu. Hoàng hậu lấy kiệu của mình cho Huy Tư đi thì Anh Tông, vốn rất nghiêm khắc tôn ti trật tự, nhắc nhở:'Bảo Từ có yêu quý Huy Tư thì cho cái khác, chứ cái kiệu ngồi còn điển chế cũ, không thể cho được'."[3]

Ngày 4 tháng 10 năm 1300 (tức ngày 21 tháng 8 âm lịch năm Canh Tý), Huy Tư Hoàng phi hạ sinh Hoàng tử Trần Mạnh (陳奣). Trần Mạnh được ghi nhận là Hoàng tử duy nhất còn sống khỏe mạnh của Trần Anh Tông. Lo sợ Hoàng tử khó nuôi, chết yểu, Anh Tông giữ Hoàng tử kĩ lắm, bèn giao cho mẹ vợ là Bảo Nghĩa Vương phi nuôi dưỡng, nhưng Vương phi cho rằng mình đang gặp hạn nên không thể nuôi Hoàng tử. Vì vậy Trần Mạnh được giao cho Chiêu Văn vương Trần Nhật Duật nuôi nấng. Theo ghi chép, Trần Nhật Duật đã chăm nuôi Hoàng tử Mạnh rất chu đáo. Nhật Duật còn đặt tên cho hoàng tử là Thánh Sinh (聖生) để giống với con trai mình là Thánh An (聖安) và con gái là Thánh Nô (聖奴). Sau này, khi Minh Tông làm vua, ông đã phong Trần Nhật Duật làm Tá thánh Thái sư đứng đầu triều đình (1324), gia phong Đại vương (1329).

Tháng 1 âm lịch năm 1305, Trần Mạnh được vua cha tấn phong làm Đông cung Hoàng thái tử. Anh Tông còn tặng cho Hoàng thái tử một bài giáo huấn mang tên Dược thạch châm, do nhà vua tự soạn. Sử chép năm 1305 Trần Mạnh là Đông cung Thái tử, nhưng đến tháng 1 âm lịch năm 1309 lại chép Đông cung Thái tử Mạnh được sách phong làm Hoàng thái tử. Trong lịch sử nhà Trần, Trần Mạnh là thái tử kế vị đầu tiên không phải do vợ chính của vua cha sinh ra, trong khi các vua Thánh Tông, Nhân Tông và Anh Tông đều là con của chính thất Hoàng hậu.

Ngày 18 tháng 3 âm lịch năm Giáp Dần (tức ngày 3 tháng 4 năm 1314), Trần Anh Tông nhường ngôi cho Thái tử Mạnh. Thái tử 14 tuổi lên ngôi Hoàng đế, tự xưng là Ninh Hoàng (寧皇), tôn Anh Tông làm Quang Nghiêu Duệ Vũ Thái thượng hoàng đế và tôn Bảo Từ Hoàng hậu làm Thuận Thánh Bảo Từ Thái Thượng Hoàng hậu. Các quan dâng Hoàng đế tôn hiệu là Thể Thiên Sùng Hóa Khâm Minh Duệ Hiếu Hoàng Đế (體天崇化欽明睿孝皇帝). Sử sách gọi ông là Trần Minh Tông (陳明宗). Sứ thần nhà Nguyên đến dự lễ đăng quang của Minh Tông, đã khen ông có hình dáng nhẹ nhàng như thần tiên. Theo đó, sinh mẫu của Tân đế, Huy Tư Hoàng phi cũng được tấn tôn làm Hoàng thái phi.

Cuối năm 1318, Thượng hoàng Trần Anh Tông đau ốm nặng. Ngày 16 tháng 3 âm lịch năm Canh Thân (nhằm ngày 21 tháng 4 năm 1320) Trần Anh Tông qua đời ở cung Trùng Quang (thuộc phủ Thiên Trường), hưởng dương 45 tuổi. Ngày 12 tháng 12 âm lịch năm 1320 (tức 10 tháng 1 dương lịch năm 1321) ông được chôn cất vào Thái lăng tại Yên Sinh (nay thuộc huyện Đông Triều, Quảng Ninh). Lúc rước linh cữu Anh Tông về Thiên Trường (Nam Định), theo lễ, thuyền của Bảo Từ Hoàng thái hậu được dùng tám dải lụa kể kéo, thuyền của Huy Tư Thái phi chỉ có hai dải. Người coi cấm quân có ý nịnh, lấy lụa buộc thêm cho Huy Tư Thái phi, Bảo Từ Hoàng thái hậu biết chuyện, cũng không để bụng.

Năm Khai Hựu thứ 2 (1330), tháng 7, mùa thu, Bảo Từ Thuận Thánh Hoàng thái hậu băng ở am Mộc Cảo, ấp Yên Sinh. Hoàng thái phi Trần thị trở thành người ở ngôi cao nhất cung cấm.

Ngày 19 tháng 2 âm lịch (10 tháng 3 dương lịch) năm 1357, Thượng hoàng Trần Minh Tông qua đời tại cung Bảo Nguyên, hưởng dương 57 tuổi. Ông được tôn thụy hiệu là Chương Nghiêu Văn Triết Hoàng Đế (章堯文哲皇帝). Ngày 11 tháng 11 âm lịch (22 tháng 12 dương lịch) năm đó, Minh Tông được mai táng vào Mục Lăng, xã Yên Sinh, huyện Đông Triều, tỉnh Quảng Ninh ngày nay.

Năm 1359, Huy Tư Hoàng thái phi Trần thị quy tiên, được triều thần dâng tôn hiệu là Chiêu Từ Hoàng thái hậu (昭慈皇太后).